مدرسه گنجعلی خان کرمان در قسمت شرقی میدان گنجعلی‌خان واقع شده و تا زمان آغامحمدخان قاجار مدرسه‌ای پر رونق بوده که بعدها تخریب و به کاروان‌سرا تبدیل گردیده است. کاشیکاری قسمت داخلی مدرسه که شامل کاشی معلقی و معرق می‌باشد، نمونه‌های زیبایی از کاشیکاریهای دوره صفویه به شمار می‌رود. برکاشیکاری‌های کتیبه سر در این مسجد تاریخ 1007 هـ.ق ( 1598 میلادی) نقش بسته و معمار آن محمد سلطانی یزدی بوده است. ابعاد مدرسه 23×31/5 متر است و جمعاً 724 مترمربع مساحت دارد. حجره‌های آن در 2 طبقه با شیوه معماری زیبایی طراحی و ساخته شده‌اند. این بنای تاریخی در حال حاضر محل سازمان میراث فرهنگی شهر کرمان و دفتر مطالعات فنی جهاد دانشگاهی است. نمای داخلی و خارجی این مدرسه، کاشیکاری معرق می‌باشد که از دوران صفویه به یادگار مانده است.
مدرسه گنجعلی‌خان و کلیه آثار آن در هجوم آغامحمدخان قاجار لطمات فراوانی دید و فقط از کتابخانه آن مدرسه نزدیک به 5000 نسخه کتاب و دست نوشته ی خطی نفیس به غارت رفت. بر در مدرسه حدیث شریف «انا مدینه العلم و علی بابها» نوشته شده که خود نشان دهنده مدرسه بودن آن بوده است.
