بنای اصلی این مسجد براثرزلزله سال1366 ه.ش به كلی از بین رفته و به جای آن بنای جدیدی ساخته شده است. مسجد جامع امروز كنگاور، بنایی مستطیل شكل است كه با اجازه مرحوم آیت الله بروجردی ساخته شده است. شبستان قدیمی مسجد از شبستان فعلی كوچكتر بوده است .بنای قدیمی نیز مستطیل شكل به درازای 12 و پهنای 8 متر بود كه بعد از تجدید بنا به طول آن اضافه شده است. در بنای جدیداز ضلع شمالی به شبستان اضافه شده و ضلع قبلی عقب نشسته و ایوانی در طول شبستان ایجاد شده است. سنگ مرمری به ابعاد 85 در 36 سانتی متر در دیوار كفش كن قرار داده شده است كه عباراتی در یازده سطر بر آن خوانده میشود و مضمون آن درخصوص وقف مدرسه كنگاور از طرف فرج الله افشار به تاریخ 1243 ه.ق می باشد.