علیقلی آغا (علی قلی آقا) یکی از در باریان و خواجهسرایان نیکوکار دوره ی صفویه بود که در زمان حیاتش، مسجد و حمام و بازار و سرا و چهار سوق زیبایی به نام خود و در محله ی بید آباد اصفهان ( خیابان مسجدسید کنونی) بنا کرد. او برادر خسروآغا بود که حمام وی نیز مشهور است.
مسجد علیقلی آغا روبروی حمام علیقلی آغا و دارای صحن نسبتاً کوچک و زیبایی است و شبستان آن با کاشیکاریهایی از نوع گره کاری مزین گردیده است. کتیبه ی بر سر در مسجد خودنمایی میکند که به خط ثلث و رنگ قهوهای به خط استاد علی نقی امامی و تاریخ 1122 هجری قمری نوشته شده است، در این کتیبه به نام شاه سلطان حسین و علیقلی آقا اشاره شدهاست. همچنین شبستان زیبا و نفیس مسجد در شرق حیاط قرار دارد و بر کتیبه ی زیبای آن با خط نستعلیق سفید بر زمینه کاشی لاجوردی اشعاری نوشته شدهاست که مفاد این اشعار حاکی از این است که این شبستان در سال 1297 هجری قمری و در زمان سلطنت ناصرالدین قاجار به مسجد اضافه شده است. خطاط این کتیبه استاد عبدالجواد و کاشیکار آن، استاد محمد اسماعیل بوده است.محراب زیبا ی مسجد، در جنوب ایوان آن قرار گرفته و از سنگ مرمر و با دیوارهایی کاشیکاری معرق تزئین شده است. این بنا از مهمترین آثار تاریخی شهر اصفهان و از جاذبه های ارزشمند این شهر میباشد.